| トンネル名 | 路線 | 位置 |
| 天瀬隧道 | 主要地方道12号 | 熊本県小国町 |
| 弁天隧道 | 主要地方道13号 | 熊本県山鹿市 |
| 福連木トンネル | 主要地方道24号 | 熊本県天草市 |
| 菅の原トンネル | 主要地方道24号 | 熊本県天草市 |
| 下田トンネル | 主要地方道24号 | 熊本県天草市 |
| 小鶴トンネル | 主要地方道24号 | 熊本県五木村 |
| 大通トンネル | 主要地方道24号 | 熊本県五木村～八代市 |
| 天月隧道 | 主要地方道27号 | 熊本県芦北町 |
| 南阿蘇トンネル | 主要地方道28号 | 熊本県南阿蘇村 |
| 俵山トンネル | 主要地方道28号 | 熊本県西原村～南阿蘇村 |
| 熊本空港地下道 | 主要地方道36号 | 熊本県菊陽町 |
| 小川トンネル | 主要地方道38号 | 熊本県山都町 |
| 白岩戸隧道 | 主要地方道54号 | 熊本県八代市 |
| 三ッ島トンネル | 主要地方道58号 | 熊本県芦北町 |
| 龍門トンネル | 県道133号 | 熊本県菊池市 |
| 大野トンネル | 県道133号 | 熊本県菊池市 |
| 立花トンネル | 県道133号 | 熊本県菊池市 |
| 中山トンネル | 県道133号 | 熊本県菊池市 |
| 中須トンネル | 県道133号 | 熊本県菊池市 |
| 牛ヶ瀬トンネル | 県道141号 | 熊本県山都町 |
| 槻木峠トンネル | 県道143号 | 熊本県多良木町 |
| 赤水隧道 | 県道153号 | 熊本県美里町 |
| 榎第二隧道 | 県道153号 | 熊本県山都町 |
| 榎第一隧道 | 県道153号 | 熊本県山都町 |
| 葉木隧道 | 県道158号 | 熊本県八代市 |
| 北川内トンネル | 県道219号 | 熊本県山都町 |
| 所の尾トンネル | 県道222号 | 熊本県山都町 |
| 二弁当トンネル | 県道277号 | 熊本県天草市～上天草市 |
| 清正公岩トンネル | 県道304号 | 熊本県芦北町 |
| 高村トンネル | 県道321号 | 熊本県美里町 |
| トンネル名 | 路線 | 位置 |
| 古川隧道 | 菊池北部地区広域農道 | 熊本県菊池市 |
| 新道隧道 | 不明 | 熊本県八代市～宇城市 |
| 北田代トンネル | 上益城平坦広域農道 | 熊本県御船町 |
| 中の原トンネル | 不明 | 熊本県山都町 |
| 御所トンネル | 不明 | 熊本県山都町 |
| 内大臣一号隧道 | 内大臣林道 | 熊本県山都町 |
| 内大臣二号隧道 | 内大臣林道 | 熊本県山都町 |
| 甲馬隧道 | 内大臣林道 | 熊本県山都町 |
| 名称不明 | 不明 | 熊本県大津町 |
| 田浦トンネル | 芦北広域農道 | 熊本県芦北町 |
| 宮浦トンネル | 芦北広域農道 | 熊本県芦北町 |
| 小田浦トンネル | 芦北広域農道 | 熊本県芦北町 |
| 海浦トンネル | 芦北広域農道 | 熊本県芦北町 |
| 鶴木山トンネル | 芦北広域農道 | 熊本県芦北町 |
| 女の島トンネル | 芦北広域農道 | 熊本県芦北町 |
| 福浦トンネル | 芦北広域農道 | 熊本県津奈木町 |
| 泉五木トンネル | 菊池人吉林道 | 熊本県八代市～五木村 |